Antibiorésistance : les animaux de rente au cœur de la stratégie contre la bactérie E. coli résistante

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La dissémination de bactéries résistantes est un sujet qui concerne à la fois la santé humaine et animale. De nouvelles stratégies sont développées pour mieux comprendre, voire contrôler l’augmentation des cas de résistance aux antimicrobiens chez les animaux de production. Des scientifiques ont combiné l’analyse génomique avec la cartographie de la propagation des infections pour comprendre comment bovins, porcs et volailles peuvent jouer un rôle dans le développement de l’antibiorésistance.

 

Il s’agit donc de déterminer si les animaux de rente peuvent être la source de propagation de bactéries résistantes à l’homme afin de déployer des mesures de gestion et de contrôle efficaces avant même l’explosion d’infections à caractère pharmacorésistant. La bactérie Escherichia coli, récemment classée comme une menace majeure par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), en est l’exemple type par sa capacité à infecter tant les populations humaines qu’animales.

Les scientifiques ont ainsi effectué une revue systématique de la littérature publiée sur le sujet entre 1940 et 2016 afin d’explorer les preuves actuelles étayant ou au contraire infirmant la théorie selon laquelle les animaux d’élevage sont la source d’E. coli résistants chez l’homme, d’examiner et de résumer les preuves avancées dans un sens ou dans l’autre, et de faire des recommandations pour mener de futures études visant à fournir des preuves de cette voie potentielle de transmission et, surtout, l’ampleur relative de cette propagation.

Selon les résultats, publiés dans la revue Foodborne Pathogens and Disease, le rôle joué par les espèces de rente dans l’émergence et la dissémination de la bactérie résistante chez l’homme est pour le moins controversé et mal compris. L’examen des preuves avancées a mis en exergue les controverses existantes : 18 % des études incluses dans la revue fournissent des preuves d’une transmission de l’animal de rente à l’homme, 56 % suggèrent que la transmission est probable sans spécifier dans quel sens et 26 % qu’elle n’existe pas. Et si à cela on ajoute la qualité des outils de typage utilisés pour conforter les résultats dans un sens ou dans l’autre, la confusion est à son comble. Ainsi, les limites des méthodologies employées ne permettent pas de tirer des conclusions solides sur le sens de la transmission. Les auteurs soulignent alors la nécessité de combiner l’analyse des données génomiques avec des preuves épidémiologiques systématiquement collectées pour reconstruire les schémas de transmission de l’antibiorésistance entre les animaux destinés à l’alimentation et l’homme.

Cette publication a le mérite de tirer une nouvelle fois la sonnette d’alarme et suggère des pistes pour enfin travailler sur des bases plus solides : celles développées par une collecte systématique et de qualité d’informations auprès des patients, ainsi que l’analyse des données génomiques à haute résolution. La condition première pour établir les schémas de transmission de la bactérie E. coli résistante. Et il y a urgence !

 

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